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《本草綱目》不僅在藥物學方面有巨大成就，在化學、地質、天文等方面，都有突出貢獻。它在化學史上，較早地記載了純金屬、金屬、金屬氯化物、硫化物等一系列的化學反應。同時又記載了蒸餾、結晶、升華、沉淀、干燥等現代化學中應用的一些操作方法。李時珍還指出，月球和地球一樣，都是具有山河的天體，“竊謂月乃陰魂，其中婆娑者，山河之影爾”。《本草綱目》不僅是我國一部藥物學巨著，也不愧是我國古代的百科全書。正如李建元《進本草綱目疏》中指出：“上自墳典、下至傳奇，凡有相關，靡不收采，雖命醫書，實該物理。”

《本草綱目》改進了中國傳統的分類方法，格式比較統一，敘述也比較科學和精密，例如：把廣義的“蟲”藥擴充到106種，其中昆蟲藥為73種，分為“卵生”、“化生”和“濕生”三類。對動物和植物的分類學的發展具有很大意義。

《本草綱目》糾正了前人的許多錯誤之處，如南星與虎掌，本來是同一種藥物，過去卻誤認為兩種藥物；以前葳蕤、女萎認為是同藥，李氏經過鑒別則確認為兩種；蘇頌在《圖經本草》將天花、括樓分為兩處，其實是同一種植物；前人誤認“馬精入地變為鎖陽”、“草子可以變魚”，一一予以糾正之。并且在本書中還加入了許多新的藥物。對某些藥物的療效，李時珍還通過自己的經驗作了進一步的描述。本書還載敘了大量寶貴的醫學資料，除去大量附方、驗方及治驗病案外，還有一些有用的醫學史料。

?本書不僅是一部藥物學著作，還是一部具有世界性影響的博物學著作，書中涉及的內容極為廣泛，在生物、化學、天文、地理、地質、采礦乃至于歷史方面都有一定的貢獻。《本草綱目》乃是一部集十六世紀以前中國本草學大成的著作，書中所收集的資料廣博，不過也正由于巨細靡遺的收錄，使得一些已散佚的古代醫書及本草借由綱目而保存下來。